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ECサイトの新規構築やリニューアルでは、小規模事業者持続化補助金や自治体の支援制度を使える場合があります。ただし、商品ページを作る費用と、受注・在庫管理のソフトを導入する費用では、検討する制度が変わります。
制作費の全額が補助対象になるとは限らず、発注できる時期や補助金が入るまでの資金も見込んでおく必要があります。この記事では、制度の候補、対象費用と自己負担の考え方、申請から受給までの流れを解説し、事業計画や申請について相談できる2社を紹介します。

ECサイト構築に補助金は使える？目的と費用から候補を絞ろう

ECサイトに使う補助金は、まず「販路を広げたいのか」「受注処理の負担を減らしたいのか」「新しい事業を始めたいのか」で絞ると選びやすくなります。同じEC投資でも、制度が支援する取り組みと見積の内容が合っていることが出発点です。

行いたいこと	候補となる制度	最初に確認する点
新しい顧客へ販売するため、自社ECを作る・改修する	小規模事業者持続化補助金、自治体のEC・ホームページ作成支援	販路開拓の計画、対象者、制作費の扱い、所在地
受注・在庫管理などの業務を効率化する	デジタル化・AI導入補助金2026の登録ITツール導入	導入したいツールと提供事業者の登録、対象業務
新しい製品・サービスや新市場へ進出し、ECも活用する	新事業進出・ものづくり商業サービス補助金	事業の新規性、必要な設備・システム、成長・賃上げ計画

サイト制作費と、受注・在庫管理ツールの導入費は別に考える

デジタル化・AI導入補助金2026の通常枠では、ホームページ制作はECサイトを含めて補助対象外です。一方、事務局に登録されたITツールを導入し、業務の生産性を高める取り組みは検討対象になります。
例えば、商品の魅力を伝えるページのデザインや制作と、複数店舗の受注をまとめて管理するソフトの導入は別の支出です。EC制作とソフト導入をまとめて発注する場合も、見積を分け、登録ITツールに該当する費用をIT導入支援事業者と確認しましょう。

参考：デジタル化・AI導入補助金2026 通常枠のよくあるご質問

新規構築・改修・モール出店で使える制度が異なる

自治体制度では、自社ECの新設だけでなく、既存サイトの改修を支援するものもあります。既にECを運営している企業でも、商品を探しにくい、注文までの操作が複雑といった販売上の課題を改善する投資なら、対象の「改修」に当てはまるか確認する余地があります。
ただし、自社ECとモール出店は扱いが異なります。小牧市の中小企業ECサイト導入支援補助金は、自社ECの開設・改修の外部委託費を対象とし、既存のモールやオークション、フリーマーケットサイトへの登録は対象外です。自社の計画を「新設」「改修」「モール登録」「維持管理」に分けてから要領を読むと、使える範囲を見誤りにくくなります。

ECサイト構築で検討したい補助金・助成制度

2026年11月7日時点で確認した主な候補は、次のとおりです。国の制度と所在地が限定される自治体制度では、事業の規模や申請手順も変わるため、予定している投資に近いものから確認しましょう。

制度名・対象回等	ECでの活用場面	主な条件
小規模事業者持続化補助金〈一般型・通常枠〉第20回	販路開拓のための自社EC構築・改修など	基本の補助率2/3・全体上限50万円。ウェブサイト関連費の申請額は30万円までで、他の経費との併用が必要
新事業進出・ものづくり商業サービス補助金 第2回	新市場への進出や革新的サービス開発の一部としてのシステム・サイト投資	事業枠の要件と必須経費、成長・賃上げ要件への対応が必要
小牧市 中小企業ECサイト導入支援補助金	自社ECの開設・改修を外部委託	市内に事業所がある中小企業等。補助率1/2・上限20万円
葛飾区 ホームページ作成費補助	ホームページの作成・改修と同時に新規ECを構築	区内の主たる事業所等の要件あり。EC分は補助率1/2・上限10万円を上乗せし、ECだけの申請は不可

小規模事業者持続化補助金｜販路開拓と組み合わせてECを整える

小規模事業者持続化補助金は、経営計画に基づく販路開拓を支援する制度です。主な対象となる小規模事業者の従業員数は、商業・サービス業では原則5人以下、宿泊・娯楽業と製造業その他では20人以下です。実店舗で販売してきた商品を遠方の顧客にも届けるなど、販売先を広げる計画の中でECを整備する場合に検討できます。

第20回の一般型・通常枠は、補助率2/3以内、補助上限50万円が基本です。ECの構築・改修等は「ウェブサイト関連費」に当たり、この費目で申請できる補助金額は30万円までです。ウェブサイト関連費だけの申請はできないため、展示会への出展やチラシ配布など、同じ販路開拓計画に必要な他の対象経費と組み合わせます。インボイス特例や賃金引上げ特例には別途要件があるので、上乗せを見込む場合は自社の該当条件も確認してください。

第20回の申請期間は2026年11月5日から12月15日17時までです。申請に必要な事業支援計画書（様式4）の発行受付は12月4日までで、申請締切より早く終了します。計画をまとめて商工会・商工会議所へ相談する時間を確保しておきましょう。

参考：小規模事業者持続化補助金 第20回公募要領（第9版）

参考：小規模事業者持続化補助金の申請日程

新事業進出・ものづくり商業サービス補助金｜新たな事業の一部として検討

新しい事業そのものに設備やシステムを投資する計画なら、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金が候補になります。2026年11月2日に第2回公募が始まった制度で、従来の「中小企業新事業進出補助金」「ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金」とは別の補助金です。
新事業進出枠では、自社にとって新しい製品・商品・サービスと新しい市場への進出が要件です。革新的新製品・サービス枠では、新たな価値を提供する製品・サービスの開発が求められます。既存商品をそのままネット販売する計画では、まず事業の新規性がこれらの要件に合うかを検討する必要があります。

革新的新製品・サービス枠は機械装置・システム構築費が必須で、新事業進出枠は同費用か建物費のいずれかが必須です。3〜5年の成長・賃上げ計画も必要になるため、小規模なEC制作費の補填より、新しい事業を立ち上げる投資全体として考える制度です。
なお、補助事業のPR用サイトは「広告宣伝・販売促進費」に分類され、補助上限は補助事業の年間平均売上見込み額の5％です。専用システムの開発とPR用サイトの構築を分け、対象枠の要領に沿って費用を整理してください。

参考：新事業進出・ものづくり商業サービス補助金 第2回公募要領

自治体のEC支援制度｜所在地と新設・改修の条件を確かめる

所在地が合えば、自治体の制度も確認しましょう。小牧市では、市内に事業所を有する中小企業等による自社ECの開設・改修について、外部委託費の1/2、上限20万円を補助します。消費税と維持管理費は対象外で、事業者への支払いも含めて年度内に完了する必要があります。
発注前に事業計画書を提出し、事業完了後に交付申請する流れです。募集ページから予算執行状況を確認したうえで、制作内容と日程を市へ相談するとよいでしょう。

参考：小牧市 中小企業ECサイト導入支援補助金

葛飾区は、ホームページの作成・改修に合わせて新規ECを構築する場合、EC分に対象経費の1/2、上限10万円を上乗せします。ECだけで申請することはできず、ホームページの作成業者へ直接委託することが条件です。
2026年度の申請は2027年2月26日までの受付順・予算内で、着手前の申請が必要です。区内の主たる事業所や原則1年以上の事業歴などの対象者要件も確かめ、2027年3月31日までに完成・支払い・実績報告ができる日程を組みましょう。

参考：葛飾区 ホームページ作成費補助

ECサイトのどの費用が対象になるかを見積書で確認する

制度の候補が決まったら、制作会社の見積を費目ごとに分けて照合します。「EC制作一式」だけでは、開発費、写真撮影、毎月の利用料、申請支援報酬のどこまでが含まれるか分からず、補助対象額も判断しにくいためです。

見積の項目	確認する内容	制度との照合例
ECの構築・改修、システム連携	ページ制作と機能開発を分け、作業範囲・納品物を記載	持続化補助金ではウェブサイト関連費。デジタル化・AI導入補助金2026の通常枠ではEC制作費は対象外
商品写真・動画・コンテンツ	何を制作し、どこで販売・宣伝に使うか	持続化補助金でECに掲載する写真等はウェブサイト関連費
ソフト利用料・保守・運用費	対象期間、初期設定と継続利用の内訳	持続化補助金の期間分計上などを確認。小牧市の維持管理費は対象外
コンサルティング・申請支援報酬	制作作業とは別に、支援内容と支払時期を明示	持続化補助金では申請支援費やウェブサイト関連の助言費用は対象外

構築・改修・写真制作などを費目ごとに分ける

持続化補助金では、販路開拓に使うECの開発・構築・更新・改修・運用に関する経費をウェブサイト関連費として確認します。ECに掲載する商品写真や販売用の画像・動画も、この費目に含まれます。
例えば、構築45万円とEC用写真15万円の見積なら、写真を別会社へ依頼してもウェブサイト関連費は合計60万円です。制作を分けて発注することで、写真の分に別の30万円枠ができるわけではありません。

利用料は、支払った期間と補助対象期間を対応させることも大切です。持続化補助金では、ソフトウェアの使用権が補助事業期間を越える場合、期間按分などで算出した補助事業期間分だけが対象になります。一方、小牧市はECの維持管理費を対象外としており、消費税も補助対象に含めません。
制作会社には、初期制作、公開後の保守、月額利用料、消費税を分けた見積を依頼すると、制度に合わせて対象額を確認しやすくなります。

申請支援費や着手前の支払いを、制作費へ混ぜない

申請支援を依頼するときは、補助対象となる制作費とは別に、支援者へ支払う報酬を予算に入れます。持続化補助金では、申請書・事業計画書等の作成や提出に係る費用、ウェブサイト・システムに関連するコンサルティングやアドバイス費用は対象外です。制作と申請支援を同じ会社へ依頼する場合も、見積の内訳を分けてください。
また、持続化補助金は交付決定前の発注・契約・支払いが補助対象になりません。採択が発表された段階で着手金を支払うと、その支出が対象から外れる可能性があります。見積を取る際に補助金利用の予定を伝え、交付決定を待って契約・発注できる条件で調整しておきましょう。

参考：持続化補助金の対象経費・対象外経費・実施条件

補助金を使っても必要な自己負担と、入金までの資金を把握する

自己負担は「見積額から補助率分を引いた残り」だけでは決まりません。費目ごとの上限と事業全体の上限を適用し、対象外の費用も足して、最終的に自社が負担する金額を見込みます。さらに、補助金が入る前に支払える資金も別に確保しておく必要があります。

補助率・費目上限・全体上限の順に計算する

持続化補助金の一般型・通常枠で、特例を使わず補助率2/3・全体上限50万円とする場合を考えてみましょう。税抜きの対象経費としてEC制作60万円と展示会出展30万円を計画したと仮定すると、次の計算になります。

計算する項目	計算と上限の適用	補助金額の試算
EC制作60万円	60万円×2/3＝40万円に、ウェブサイト関連費の上限30万円を適用	30万円
展示会出展30万円	30万円×2/3＝20万円	20万円
事業全体	30万円＋20万円＝50万円。基本の全体上限50万円以内	合計50万円
対象経費に対する自己負担	90万円−50万円	40万円

EC制作60万円だけを見ると補助率計算では40万円ですが、費目上限があるためEC分は30万円です。この例は、展示会も販路開拓計画に必要な対象経費として認められ、他の経費との併用条件を満たす前提です。
見積に申請支援費や対象期間外の利用料があれば、その費用も自己負担へ加えます。消費税の計上方法は課税・免税等の区分に応じて確認し、税抜きで計算する場合でも、実際の支払いには消費税分を含めて用意しましょう。

先に支払う制作費と、補助金の入金を分けて資金計画を立てる

持続化補助金は後払いなので、この例で最初に必要になる資金は自己負担40万円だけではありません。制作会社や出展先には、いったん計90万円と消費税等を支払い、事業完了後の実績報告、補助金額の確定、請求を経て補助金を受け取ります。申請支援報酬も利用契約に定める時期に支払います。
資金繰り表では、交付決定を待つ期間、制作期間、制作費を支払う月、補助金入金前の残高を分けて考えると、必要な運転資金が見えてきます。季節商品を売るサイトなら、販売開始日に間に合う制作期間と、交付決定を待てる日程かを先に確かめることが大切です。
第20回の採択発表は2027年3月頃の予定で、交付決定は詳細な見積を速やかに提出しても採択発表から概ね1〜2か月かかる場合があります。すぐに公開したい計画では、この待機期間も含めて補助金を利用する日程が合うか判断しましょう。

参考：持続化補助金の自己負担・後払い・補助事業の流れ

ECサイトの補助金申請から公開・受給までの進め方

持続化補助金を代表例にすると、計画と申請、交付決定、制作・支払い、実績報告・請求の順に進めます。制作会社には、ページや機能だけでなく、見積・契約・納品・支払いの書類をいつ用意できるかも共有しておきましょう。

段階	自社で進めること	制作会社・支援者と合わせること
計画・制度選定	販売目標、対象顧客、公開希望日、予算を決める	必要機能と概算見積、利用できる制度の候補
申請準備・提出	経営計画・補助事業計画、必要書類、様式4等を準備して申請	見積の内訳、書類の作成支援と自社作業の分担
採択・交付決定	通知を確認し、交付決定まで発注・契約を待つ	着手可能日と制作日程を確定
制作・公開・支払い	内容を確認して公開し、期限内に支払う	納品物、請求書、公開内容を確認できる資料を受領
実績報告・請求	証拠書類を添えて報告し、額の確定後に請求	報告に必要な成果物や費用内訳の不足を補う

1．販売計画と必要な機能を整理し、使える制度を選ぶ

最初に整理したいのは、ECを作ることで販売の何が変わるかです。販売する商品、届けたい顧客、現在の販路と課題を書き出し、必要な機能につなげます。
例えば、電話注文だけで販売している地域商品を遠方の顧客にも販売したいなら、商品情報、配送条件、決済まで分かる導線が必要です。既にネット販売していて在庫確認に時間がかかるなら、商品ページの刷新より受注・在庫連携が課題かもしれません。この違いを明らかにしてから見積を取ると、投資の目的と制度の対象を合わせやすくなります。

2．見積と事業計画を準備して申請する

持続化補助金では、経営計画と補助事業計画を用意し、地域の商工会・商工会議所から事業支援計画書（様式4）の交付を受けます。電子申請にはGビズIDプライムが必要なので、アカウントの準備と計画の相談を並行して進めるとよいでしょう。
計画書では、どの顧客に何を売り、ECを使ってどう販路を広げるか、そのために見積の各作業がなぜ必要かを説明します。制作会社には機能や制作範囲の説明を、申請支援者には計画の組み立てや必要書類の確認を相談すると、分担を決めやすくなります。
持続化補助金では、1件の発注総額が税込50万円を超える場合、原則として2者以上の見積が必要です。例えばEC制作60万円の計画なら、同じ要件で比較できる見積を自社で別々の会社から集め、価格の妥当性を説明できるようにしておきます。

第三者の支援を受けても、事業計画は自社で検討し、内容を説明できる状態にします。持続化補助金の電子申請は申請者自身が行い、GビズIDのアカウント・パスワードを支援者へ渡さず、画面入力や提出を自社の作業として残してください。第三者のアドバイスを受けた場合は、様式2で相手方と支援料金等も申告します。

3．交付決定などの着手条件を満たして制作・支払いを進める

持続化補助金の「採択」は、審査を通過した段階です。その後の交付決定を確認してから、EC制作を発注・契約し、制作や支払いを進めます。制作会社には、採択発表日にすぐ着手する予定を組んでもらうのではなく、交付決定を確認した後に着手日を確定する段取りを伝えておきましょう。
自治体では順序が異なります。小牧市は発注前の計画書提出と完了後の交付申請、葛飾区は作成・改修着手前の交付申請が必要です。国の制度の手順をそのまま当てはめず、利用する自治体の担当窓口と、制作会社への正式発注前に必要な手続きを確かめてください。

4．公開・実績報告と請求を行い、受給後の義務も確認する

サイトが完成したら、計画した機能や商品情報を確認して公開し、期限内に支払いを済ませます。実績報告では、見積書、契約・発注に関する書類、納品物、請求書、支払記録などで、何を実施していくら支払ったかを示します。公開したサイトの画面も、制作時の内容が分かる状態で保存しておくと報告に役立ちます。
持続化補助金は実績報告後に補助金額が確定し、その後の請求・入金へ進みます。制作担当と経理担当のどちらが書類を回収し、誰が報告をまとめるかを決めておくと、公開後に必要な証拠が足りない事態を防ぎやすくなります。

受給後も、事業効果の報告などの対応が続きます。また、持続化補助金で税抜き50万円以上の費用をかけて作成・更新するウェブサイトやシステムは、処分制限財産に該当し、一定期間の譲渡・廃棄等に事前承認が必要になることがあります。報告の期限と、サイトを手放す・廃止する際の確認先を、社内の運用担当へ引き継ぎましょう。

参考：持続化補助金の申請方法・補助事業者の義務

ECサイトの補助金申請・事業計画を相談できる2社

制作会社にはサイトの設計・構築を、申請支援先には制度選定や事業計画の整理を相談すると、必要な役割を分けて選べます。ここでは、開発投資に合う制度を検討したい場合と、継続して制度の調査・申請・報告を相談したい場合の候補を紹介します。

相談先	相談が合う投資・支援範囲	料金体系の違い
株式会社イチドキリ【プロベルおすすめ】	独自システム・アプリ開発を伴うEC投資。制度選定、事業計画書の作成支援、提出前の確認など	採択までの支援：着手金0円・補助額に対し15％（税別） 最低報酬あり。デジタル化・AI導入関連は別体系。採択後の支援は別料金
AI行政書士法人【プロベルおすすめ】	販路開拓や今後の投資計画に合う制度調査、申請書類、採択後の報告の相談	「提案・伴走型」：15万円／月（プロベル掲載、税区分未記載） 持続化補助金の単発支援：採択金額の10％〜・着手金なし（公式案内）。契約ごとの適用条件を確認

株式会社イチドキリ【プロベルおすすめ】

会社名	株式会社イチドキリ
主な支援内容	システム・アプリ開発向けの制度選定、事業計画書の作成支援、申請前確認
相談が合うEC投資・課題	独自機能やシステム連携を含む開発投資の制度適合性と計画づくり
料金・契約の確認点	採択まで：着手金0円・補助額に対する成功報酬15％（税別）、最低報酬あり 採択後に成功報酬を支払い。交付申請・実績報告の作成支援は別料金 デジタル化・AI導入関連の補助金は料金体系が異なる

株式会社イチドキリは、システム・アプリ開発に使える補助金の申請支援を行っています。投資内容を聞いたうえで制度を提案し、開発内容や投資対効果を審査項目に沿って説明できるよう、事業計画の構成や試算の方法・根拠を整理する支援を提供しています。
独自の商品選択機能や業務システムとの連携など、ECにまとまった開発投資が含まれる場合は、予定する機能・見積・事業の目的を共有し、合う制度があるか相談できます。

役割分担も公式に示しており、申請者は事業計画書の作成や試算の数値、添付書類を用意し、電子申請の入力・提出を行います。同社は計画づくりや提出前の確認を支援します。制作会社との打ち合わせ内容を申請計画へ落とし込みたい場合に、任せる部分と自社で用意する部分を決めやすい相談先です。

料金は採択までの支援について着手金0円、補助額に対する成功報酬15％（税別）で、最低報酬額があります。成功報酬は採択後に支払うため、補助金が振り込まれる前の資金計画に入れておきましょう。
デジタル化・AI導入関連の補助金は別の料金体系で、採択後の交付申請・実績報告に関する書類作成支援も別料金です。相談時には、対応する制度、最低報酬額、採択後まで任せる場合の総額を確認してください。

筆者・監修者のおすすめポイント
独自開発やシステム連携を伴うEC投資で、開発内容に合う制度と事業計画を整理したい企業に向いています。制作会社の見積と投資の目的を共有し、申請までと採択後の支援範囲を分けて相談できます。

AI行政書士法人【プロベルおすすめ】

会社名	AI行政書士法人
主な支援内容	補助金・助成金の制度調査・提案、申請書類作成、採択後の報告支援
相談が合うEC投資・課題	販路開拓や今後の投資に合う制度を探し、書類と報告の準備を継続して相談したい場合
料金・契約の確認点	「提案・伴走型」：15万円／月。制度調査〜採択後報告を支援（プロベル掲載、税区分未記載） 公式の持続化補助金支援：採択金額の10％〜、着手金なし 利用サービス、契約期間、税区分、対応範囲を見積で確認

AI行政書士法人は、事業計画に合う補助金・助成金の提案や申請書類作成を支援しています。プロベルに掲載する「提案・伴走型」サービスでは、原則月1回のヒアリングで投資予定や課題を把握し、制度の調査から申請書類、採択後の報告まで継続して支援する内容を案内しています。

ECの立ち上げと、その後の投資予定をまとめて相談したい場合は、いつ何に支出するかを共有すると、申請準備や公募の時期を検討しやすくなります。書類作成だけを単発で頼む場合に比べ、複数の投資や報告を見通して相談できる点が、この継続支援の選択理由になります。
同サービスの掲載料金は15万円／月で、制度ごとの追加手数料は不要と案内されています。税区分の記載はないため、契約期間や対象業務と合わせて見積で確認してください。

一方、公式サイトでは、小規模事業者持続化補助金の支援を「採択金額の10％〜・着手金なし」と案内しています。依頼時には、今回の申請だけを支援する契約か、今後の制度調査や採択後の報告まで含む月額契約かを決め、その契約に適用される料金を確認しましょう。持続化補助金の本人による電子申請など、自社に残る手続きもあわせて役割分担します。

筆者・監修者のおすすめポイント
ECの販路開拓だけでなく、今後の投資に使う制度の調査や採択後の報告も継続して相談したい企業の候補になります。単発支援と月額の伴走支援から、投資予定と社内の事務負担に合う依頼範囲を検討できます。

補助金を前提に発注する前に、対象費用と公開日程を確認しよう

ECサイトの補助金は、販売の目的と見積の内訳から選ぶと、自社に合う制度を判断しやすくなります。制作費に使える制度と業務ツール向けの制度を分け、対象経費、費目上限、事業全体の上限を確認して自己負担を試算しましょう。
発注前には、必要な手続き、着手できる時期、公開希望日、補助金が入るまでの資金を合わせて確認することが大切です。EC投資をどの制度に結びつけるか、計画や申請を誰に相談するか迷う場合は、プロベルへご相談ください。投資内容と必要な支援を整理し、相談先を検討できます。

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