「事業を拡大したいけれど、補助金や助成金の制度が複雑でどこから手をつければいいかわからない…」とお悩みではありませんか？自社だけで申請を行うには膨大な時間と専門知識が必要で、不備があれば採択を逃すリスクもあります。

本記事では、実績豊富な申請代行会社おすすめ3社の比較を中心に、失敗しない選び方や費用相場を網羅的に解説します。代行会社を賢く活用して、確実に資金調達を成功させるための一歩を踏み出しましょう。

【厳選】おすすめの補助金・助成金申請代行会社3選

補助金や助成金の申請支援を行うコンサルティング会社の中でも、特に豊富な支援実績と高い信頼性を誇る3社を厳選しました。それぞれの会社が持つ独自の強みや得意とする専門領域について、比較しやすい形で詳しく紹介します。自社の事業内容や目指すゴールに最も適したビジネスパートナーを見つけるための参考にしてください。

株式会社アレート

所在地	東京都港区赤坂2丁目14-5ダイワ赤坂ビル7Ｆ
費用	要問い合わせ
対応可能な範囲	税理士、社労士、会計士、節税対策、決算申告、確定申告、法人税・所得税対応、助成金申請サポートなど
実績	グループ内連結決算・内部統制の構築支援

公認会計士・税理士である代表が、監査法人、大手企業のバックオフィス部門、コンサルティング実務を経て独立した財務・会計のプロ。スタートアップからIPO準備企業まで、会計・税務だけでなく人事・労務・法務・内部統制などバックオフィス全般を総合支援します。設立初期〜上場準備まで企業フェーズに応じた実践的サポートで、効率的な組織運営と経営分析の高度化を支援します。 

詳細プロフィールはこちら：https://probel.jp/pro/p/53/

株式会社イチドキリ

所在地	東京都墨田区亀沢1-17-11中村ビル201
費用	要問い合わせ
対応可能な範囲	社労士、行政書士、助成金申請サポート、補助金・助成金申請代行
実績	補助金採択率80％以上

元エンジニア代表が立ち上げた補助金申請支援会社。システム・アプリ開発に特化した補助金支援を、着手金0円・完全成功報酬制（採択額15％）で提供し、採択率80％超の実績を持ちます。

通常60時間ほどかかる申請準備を約10時間に圧縮するノウハウで、本業への負担を最小化しながら支援。技術要件に精通した申請支援で、事業の資金調達成功と成長を後押しします。

詳細プロフィールはこちら：https://probel.jp/pro/p/259/

AI行政書士法人

所在地	東京都新宿区市谷甲良町2-19JC Street Kagura1階
費用	要問い合わせ
対応可能な範囲	行政書士、補助金・助成金申請代行、許認可申請、法人設立サポート、車両登録
実績	補助金・助成金対応を 提案〜申請〜採択後フォローまで丸ごと対応

AI行政書士法人は、補助金・助成金の制度選定から申請、採択後の実績報告までをワンストップで支援する伴走型サポートが強みです。月額定額制・成功報酬なしの料金体系で、複数の制度活用も安心。

さらに初年度は、年間の補助金採択額が契約金額に満たなかった場合に差額を返金する「初年度返金保証制度」を用意しており、リスクを抑えて導入できます。採択後も最大5年間の報告対応までサポートし、返還リスクを防ぎながら企業の成長を長期的に支えます。

詳細プロフィールはこちら：https://probel.jp/pro/p/329/

補助金と助成金とは何が違う？

補助金と助成金は、どちらも国や自治体から支給される返済不要の資金ですが、その性質や目的は大きく異なります。申請を検討する際には、まず自社が解決したい課題がどちらの制度に適しているかを正しく判断しなければなりません。ここでは、それぞれの基本的な仕組みや管轄の違い、そしてなぜ補助金においてコンサルタントの支援が重要視されるのかについて、項目ごとに詳しく解説します。

補助金と助成金の違い

補助金：競争審査あり、主に事業・設備投資を目的とする（経産省管轄が多い）

補助金は主に経済産業省や中小企業庁が管轄しており、新事業の立ち上げや設備投資、販路開拓など、日本経済の活性化につながる取り組みを支援するための制度です。最大の特徴は、予算の枠が決まっているため「早い者勝ち」や「全員受給」ではなく、提出した事業計画の優秀さを競う点にあります。

審査を経て採択された企業だけが受給できるため、戦略的な準備が必要になります。

助成金：要件達成で原則受給、主に雇用・労働環境を目的とする（厚労省管轄が多い）

助成金は主に厚生労働省が管轄しており、正社員化や人材育成、働き方改革など、雇用環境の改善を目的としています。補助金との大きな違いは、一定の要件を満たし、必要な書類を適切に提出すれば、原則としてどの企業でも受給できる点にあります。競争がない分、受給の可能性は極めて高いですが、受給までに細かい労務管理や就業規則の整備が求められることが一般的です。

コンサルタント・専門家への依頼は「補助金」がメインとなる理由

補助金は採択率が低く、事業計画の質が問われるため、専門的な支援が不可欠

補助金がコンサルタントへの依頼が中心となるのは、不採択になるリスクがあるからです。単に申請書を埋めるだけでは不十分で、市場分析や競合優位性、収益の見通しなどを論理的に示した事業計画書を作成しなければなりません。プロのコンサルタントは審査員の評価ポイントを熟知しているため、

自社で作成するよりも採択率を大幅に高めることができる

という点が、依頼の大きな動機となっています。

助成金は社労士が専門だが、代行会社が社労士と連携していると両方依頼できて便利

助成金の申請は法律によって社会保険労務士の独占業務とされていますが、企業が補助金と助成金を併用したいケースは多々あります。補助金に強いコンサルティング会社が社労士法人と提携している場合、窓口が一本化されるため非常に効率的です。事業設備を補助金で整え、その後の採用や教育を助成金で賄うといった、会社全体の成長に合わせた総合的な資金調達アドバイスを受けられるメリットがあります。

なぜ申請代行会社に依頼するべきか？メリットと活用すべきケース

補助金や助成金の申請は、自社で完結させることも不可能ではありません。しかし、多くの事業者が専門の代行会社を活用しているのは、それに見合うだけの明確なメリットがあるからです。特に、採択の可否が事業の資金繰りに直結する場合や、限られた人員で経営を行っている場合には、外部の専門知識を取り入れることがリスク回避に繋がります。ここでは、代行会社を利用することで得られる具体的な恩恵と、どのような事業者が依頼を検討すべきかについて整理します。

最大のメリットは採択率の向上と時間効率

申請に必要な時間と労力を本業に集中できる

補助金の申請には、公募要領の読み込みから必要書類の収集、そして膨大な枚数に及ぶ事業計画書の作成まで、極めて多くの工数がかかります。これらを経営者や担当者が通常業務の傍らで行うと、本業に支障をきたす恐れがあります。代行会社に依頼することで、実務作業の大部分をアウトソーシングできるため、事業運営にリソースを割きながら着実に受給の準備を進められるようになります。

専門家による事業計画書作成支援で審査基準を満たせる

補助金の採択を左右するのは、審査項目に基づいた論理的な事業計画書です。代行会社は、過去の採択事例や審査員が注目するポイントを熟知しているため、自社で作成するよりも格段に精度の高い書類を作成できます。単に見栄えを整えるだけでなく、数値計画の妥当性や市場分析の鋭さなど、加点対象となる要素を的確に盛り込むことで、採択される可能性を最大限に引き上げることが可能です。

こんな事業者は特に依頼がおすすめ

忙しくて申請書類を作成する時間がない中小企業・個人事業主

少数精鋭で運営している中小企業や個人事業主にとって、数週間から数ヶ月を要する申請準備は大きな負担です。日々の現場作業や営業活動に追われている場合、書類作成の優先順位が下がり、締め切り直前に急いで作成した結果、不備が生じるケースも少なくありません。こうした時間的余裕のない事業者こそ、プロの手を借りることで、質の高い申請を効率的に行うことができます。

初めて補助金・助成金に挑戦し、制度がよくわからない

補助金や助成金の制度は多岐にわたります。初めて取り組む際には、自社がどの制度に合致しているかを見極めるだけでも一苦労です。代行会社は最新の公募情報を常に把握しているため、数ある選択肢の中から自社の目的や状況に最適な制度を提案してもらえるという心強さがあります。

過去に自己申請で不採択になった経験がある

一度不採択になった経験がある場合、その原因を自社だけで特定するのは困難です。事業計画に論理的な矛盾があったのか、それとも要件を一部見落としていたのかなど、専門家の視点で分析を受ける必要があります。過去の失敗を踏まえた改善策を提示してもらうことで、次回の申請では採択圏内に食い込むための確実な対策を講じることができます。

失敗しない！補助金・助成金 申請代行会社の選び方5つのポイント

補助金や助成金の受給を成功させるためには、パートナーとなる代行会社の選定が何よりも重要です。不適切な業者を選んでしまうと、採択されないばかりか、着手金だけを支払って終わってしまうリスクも否定できません。ここでは、数ある代行会社の中から信頼できる一社を見極めるために、必ずチェックしておくべき基準を解説します。

1.【最重要】認定支援機関（認定経営革新等支援機関）であるか確認する

認定支援機関の専門性と信頼性が高い理由

認定支援機関とは、中小企業庁が専門的な知識を有すると認めた税理士や金融機関、コンサルタントのことです。国から一定レベル以上の実務能力があると公証されているため、無資格の業者に比べて信頼性が格段に高いのが特徴です。財務状況の分析や経営計画の策定において高度な知見を持っているため、単なる書類作成代行に留まらない質の高い支援が期待できます。

認定支援機関の支援が必須となる主要補助金がある

ものづくり補助金や事業再構築補助金など、一部の主要な補助金では認定支援機関による確認が申請の必須条件となっています。こうした補助金を利用したい場合、最初から認定支援機関として登録されている会社に依頼すれば、確認書の発行までスムーズに一括依頼が可能です。対象外の業者に頼むと二度手間になることもあるため、あらかじめ認定の有無を確認しておくのが賢明です。

2.依頼したい補助金・助成金分野の「採択実績」と「専門性」を見る

得意な補助金（ものづくり、事業再構築など）を事前に確認する

補助金と一言で言っても、IT導入、設備投資、展示会出展など、その分野は多岐にわたります。代行会社によって得意不得意があるため注意が必要です。自社が狙っている特定の補助金において、過去にどれほどの採択実績があるかを確認することで、より精度の高いサポートが受けられます。

中小企業庁など公的機関からの支援実績があるか

公的な機関から支援実績を認められている、あるいは大規模な採択数を出している会社は、審査の傾向を深く理解している可能性が高いです。実績が豊富な会社は、業種ごとの審査のポイントをデータベース化していることも多く、自社に近い業態での成功事例を元にしたアドバイスが受けられます。

3.料金体系（着手金・成功報酬）が明確である

高額すぎる着手金や、安すぎる成功報酬には注意

料金体系は会社によって異なりますが、あまりに相場から離れた設定には注意が必要です。例えば、着手金が高額すぎる場合は採択の成否に関わらず利益を得ようとしている可能性があります。逆に成功報酬が極端に低い場合は、一人あたりの担当件数が多すぎて、肝心の事業計画の書き込みが薄くなるリスクがあります。

不採択時の費用や追加料金の有無を確認する

万が一不採択になった場合に、再申請の費用がかかるのか、あるいは不採択時の返金規定があるのかを確認しておくことも欠かせません。また、採択後の実績報告の代行で別途費用が発生するケースもあります。契約を結ぶ前に、受給が完了するまでトータルでどれくらいのコストが必要になるのかを確認しましょう。

4.事業計画書の作成サポートまで手厚く行っている

単なる書類代行ではなく、事業の磨き上げに貢献してくれるか見極めましょう。質の高い代行会社は、単に言われたことを書類に書き写すだけではありません。経営者へのヒアリングを通じて、事業の弱点を補強したり、新たな強みを掘り起こしたりといった、事業そのものを磨き上げる提案をしてくれます。審査に通るためだけでなく、その後の事業の成功にも繋がるようなパートナーこそが理想的です。

5.担当者とのコミュニケーションの取りやすさ・相性

補助金の申請は、締め切りまでの短い期間に何度も密なやり取りを繰り返すことになります。そのため、担当者のレスポンスの速さや、専門用語をわかりやすく説明してくれる姿勢など、コミュニケーションの相性が非常に重要です。初回の相談で誠実な対応をしてくれるかを見極めることで、ストレスのない申請作業を進めることができます。

補助金・助成金申請代行の費用相場と料金体系の仕組み

申請代行を検討する際、最も気になるのがコストの面ではないでしょうか。代行会社への支払いは、一般的に着手金と成功報酬の二段構えになっていることが多く、このバランスは会社や依頼する補助金の種類によって異なります。ここでは、一般的な料金体系の内訳と、補助金・助成金それぞれの相場の違いについて詳しく見ていきましょう。

申請代行の一般的な料金体系：着手金と成功報酬

着手金：5万円～20万円が相場

着手金は、申請準備を開始する際に支払う固定の事務手数料のような性質を持っています。相場としては、小規模な補助金であれば5万円から10万円程度、難易度の高い大規模な補助金であれば15万円から20万円程度に設定されているのが一般的です。なお、完全成功報酬型を採用し、着手金を無料としている会社もありますが、その分成功報酬のパーセンテージが高めに設定されている傾向があります。

成功報酬：補助金採択額の10%～20%が相場

成功報酬は、無事に採択が決まった際、実際に受け取る補助金額に応じて支払う費用です。相場は補助金額の10%から20%程度がボリュームゾーンとなっています。この成功報酬は、事業計画書の磨き上げや採択に向けた専門的なコンサルティングへの対価であり、採択額が大きくなるほど代行会社の責任と工数も増えるため、比率での設定が主流です。

助成金と補助金で異なる料金相場

助成金は比較的低コスト、補助金は事業計画の難度で変動します。助成金の申請代行は、主に社会保険労務士が担当し、要件の確認や定型的な書類の提出が中心となるため、補助金に比べると費用は抑えられる傾向にあります。成功報酬も10%から15%程度で、着手金がかからないケースも珍しくありません。一方、補助金は事業計画の作成にコンサルタントの長い拘束時間が必要なため、費用も助成金より高めに設定されることが多くなります。

補助金・助成金申請代行に関するQ&A

申請代行会社への依頼を検討していると、資格の有無や専門家の選び方など、細かな疑問が湧いてくるものです。契約してから後悔しないためにも、あらかじめ業界のルールを知っておくことが大切です。ここでは、よくある疑問に対して、専門的な視点から回答をまとめました。

Q1: 申請代行は無資格でもできる？

補助金の申請代行業務そのものには、独占的な資格要件は法律上定められていません。そのため、理論上は無資格のコンサルタント会社でも代行は可能です。しかし、安心安全な支援を受けるためには、国からのお墨付きである認定支援機関の登録を受けている業者を選ぶのが最も確実な判断基準となります。

Q2: 税理士、行政書士、コンサルタント、誰に依頼すべき？

士業の肩書きよりも、その補助金の実績があるかで選ぶのが正解です。税理士は数字に強く、中小企業診断士は経営戦略に強いといった特徴はありますが、重要なのは認定支援機関であるという前提の上で、その事務所や会社が過去に同種の補助金でどれだけの採択実績を出しているかです。

Q3: 助成金も代行会社に依頼するべきか？

助成金の申請代行は、社会保険労務士の独占業務と定められています。もし補助金と助成金をまとめて相談したい場合は、その代行会社が提携している社労士を紹介してくれるか、あるいは社内に社労士が在籍しているかを確認してください。適法な連携体制が取れている会社であれば、効率的に手続きを進めることができます。

まとめ

補助金や助成金は、企業の成長を加速させるための強力なツールですが、その申請プロセスは複雑で専門的な知識が不可欠です。自社のリソースだけで無理に進めるのではなく、経験豊富な申請代行会社をパートナーに選ぶことで、採択の可能性を飛躍的に高め、かつ経営者は本業に集中できる環境を維持できます。

代行会社を選ぶ際は、まず認定支援機関であるかを確認し、その上で過去の採択実績や料金体系の透明性を比較することが鉄則です。まずは気になった代行会社の無料相談などを活用し、自社の事業計画がどの制度に適しているか、具体的なアドバイスを受けてみることから始めてみてはいかがでしょうか。